Родился в селе Эдэрмэг Кижингинского района. В школьные годы занимался боксом. В 2003 году окончил Кижингинскую СОШ имени Хоца Намсараева, а в 2008 году – БГСХА имени В.Р. Филиппова. С 2008 по 2009 год проходил срочную службу. В 2011 году заключил контракт с 14 отдельной гвардейской ордена Кутузова бригадой специального назначения (г. Хабаровск). Не раз выезжал в командировки на Северный Кавказ.

На СВО сражался с ее первых дней. Снайпер-разведчик Мэргэн Будаев взял псевдоним «Тунгус» в память о прославленном снайпере Семене Номоконове. Выполнял боевые задачи на трех тактических направлениях. Был четыре раза ранен. В его активе – до 25 подтвержденных видеофиксацией ликвидированных целей. Мэргэн также принимал участие в штурмовых действиях в составе в группы спецназа.

В феврале 2025 года перед разведгруппой, в составе которой был «Тунгус», была поставлена задача – проникнуть в тыл противника на донецком направлении и закрепиться в одном из населенных пунктов. Команда снайперов во главе с Мэргэном Будаевым, рискуя жизнями, отвлекала на себя внимание радикалов и вызывала огонь на себя. В течение четырех суток, находясь в тяжелейшей боевой ситуации, будучи раненным, старший снайпер Мэргэн Будаев вел огневую поддержку. Во время выполнения этой задачи Мэргэн погиб. Посмертно награжден орденом Мужества. Кроме этого, был награжден еще одним орденом Мужества, знаком отличия – Георгиевский крест IV степени, медалями «За отвагу» и Жукова. Летом 2025 года инициативная группа начала сбор подписей для последующего составления ходатайства о присвоении звания Героя России Мэргэну Будаеву.

Два ордена Мужества
Георгиевский крест IV степени
Медаль «За отвагу»
Медаль Жукова